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1.如何分析系统发育树

　　进化树由结点（node）和进化分支（branch）组成，每一结点表示一个分类学单元（属、种群、个体等），进化分支定义了分类单元（祖先与后代）之间的关系，一个分支只能连接两个相邻的结点。进化树分支的图像称为进化的拓扑结构，其中分支长度表示该分枝进化过程中变化的程度，标有分枝长度的进化分支叫标度枝（scaled branch）。校正后的标度树（scaled tree）常常用年代表示，这样的树通常根据某一或部分基因的理论分析而得出。进化分支可以没有分支长度的标注（unscaled），没有被标注的分支其长度不表示变化的程度，虽然分支的有些地方用数点进行了注释。
进化树可以是有根的(rooted)，也可以是无根的（unrooted），分为“有根树”和“无根树”两类。
在有根树中，有一个叫根（root）的特殊结点，用来表示共同的祖先，由该点通过唯一途径可产生其他结点；有根树是具有方向的树，包含唯一的节点，没有确认共同祖先或进化途径。最常用的确定树根的方法是使用一个或多个无可争议的同源物种作为“外群”（英文outgroup），这个外群要足够近，以提供足够的信息，但又不能太近以致不能和树中的种类相混。把有根树去掉根即成为无根树。一棵无根树在没有其他信息（外群）或假设（如假设最大枝长为根）时不能确定其树根。无根树是没有方向的，其中线段的两个演化方向都有可能。

2.构建系统发育树的分析方法有哪些

　　首先，est序列的测序，得到该基因的est片段\r\n其次，生物信息学，用go或者kegg，分析该基因的功能分类，所在代谢途径等；通过ncbi blastn，blastx，tblastn等比对与该基因同源性较高的基因序列和可能功能；通过expasy研究蛋白的特点，二级结构，三级结构等。\r\n之后，根据已得到的信息，依据可能的功能设计细胞分子生物学实验，\r\n例如，1利用已知序列，通过race方法获得该基因的cdna全序列，通过巢式pcr或者tail pcr的方法获得全基因组序列及promotor序列\r\n2构建过表达载体，在生物体内过表达该基因，看是否获得可见表性\r\n 3构建反义rna载体，或者rnai载体，使该基因的表达沉默，看是否获得可见表性\r\n 4通过同源重组的方法，敲除该基因，看是否获得可见表性\r\n 5在该基因缺失的突变生物体中，过表达该基因，看表性能够得到互补t突变\r\n 6在该基因启动子后接上报告基因，观察该基因的表达位置\r\n 7在将该基因与报告基因后，进行亚细胞定位\r\n 8采用real-time-pcr的方法，观察该基因的表达模式\r\n 9采用基因芯片的方法，观察与该基因有关的基因\r\n 10采用酵母双杂交的方法，寻找与该基因相互作用的蛋白。\r\n 等等等等

3.如何构建系统发育树

　　无论是基于距离的系统发生树重建方法，还是基于特征的系统发生树重建方法，都不能保证一定能够得到一棵描述比对序列进化历史的真实的树。
　　一般地，对于某个数据集，如果用一种方法能推断出正确的系统发生关系，则用其它流行的方法也能得到较好的结果。但是，如果模拟数据集中序列的变化很大，或不同的分支变化速率不同，则没有一种方法是十分可靠的。
　　扩展资料：
　　系统树是一种分支图（英文cladogram）。在树中，每个节点代表其各分支的近共同祖先，而节点间的线段长度对应演化距离（如估计的演化时间）。
　　系统发生树有时也称系统树图，它是由一系列节点和分支组成的。其中每一个节点代表一个分类单元，分支末端的节点对应 一个基因或者生物体。与外部节点对应，内部节点代表一个推断出的共同祖先。系统发生树结构的基本信息在计算机程序中常常用一组嵌套的圆括号表示，成为newick格式。
　　参考资料来源：

4.怎么运用系统发育树？

　　近年来叶绿体基因间序列已被广泛应用于苔藓、球兰、骨碎补科、蓼科、常绿植物、角果木等植物系统发育性及地理亲缘关系。通过本实验来学习和研究如何运用软件基于trnT-trnL序列分析同科植物的遗传关系。 通过本实验能够熟练掌握数据采集和分析等分子实验中的常用方法进一步提高自己的收集数据的能力和数据分析工具的使用能力。 关键词trnT-trnL 物种 遗传关
系统发育 系统发育phylogeny也称系统发展是与个体发育相对而言的它是指某一个类群的形成和发展过程。大类群有大类群的发展史小类群有小类群的发展史从大的方面看如果研究整个植物界的发生与发展便称之为植物界的系统发育。同样也可以研究某个门、纲、目、科、属的系统发育甚至在一个包含较多种以下单位亚种变种的种中也存在种的系统发育问题。例如在单子叶植物的菝葜科Smilacaceae中有各种类型的植物有木本的、草本的有直立的、攀缘的有单花序的、也有复合花序的等等。这些类群之间在进化上有何联系哪个类群较为原始哪个类群较为进化对这类问题的探讨就是探讨各类群的系统发育。种是分类的基本单位但在种之下又有亚种、变种、变型这说明在一个种的范围内也有变化和发展这就是种的系统发育。同样道理纲、目、科、属各个分类等级均有其系统发育。 系统发育树 系统学分类描述了不同生物之间的相关关系通过系统学分类分析可以帮助人们了解所有生物的进化历史过程。这一过程并不能够直接看到人们只能通过相关线索了解历史上曾经发生了什么而科学家就是用这些线索建立各种假说、模型甚至是生命发生的历史。在系统学分类的研究中最常用的可视化表示进化关系的方法就是绘制系统发育进化树Phylogenetic trees用一种类似树状分支的图形来概括各种类生物之间的亲缘关系。通过比较生物大分子序列差异的数值构建的系统树称为分子系统树molecular phylogenetic tree。 进化树由结点node和进化分支branch组成每一结点表示一个分类学单元属、种群、个体等进化分支定义了分类单元祖先与后代之间的关系一个分支只能连接连个相邻的结点。进化树分支的图像称为进化的拓扑结构其中分支长度表示该分枝进化过程中变化的程度标有分枝长度的进化分支叫标度枝scaled branch。校正后的标度树scaled tree常常用年代表示这样的树通常根据某一或部分基因的理论分析而得出。进化分支可以没有分支长度的标注unscaled没有被标注的分支其长度不表示变化的程度虽然分支的有些地方用数点进行了注释。 进化树可以是有根的(rooted)也可以是无根的unrooted分为“有根树”和“无根树”两类 。在有根树中有一个叫根root的特殊结点用来表示共同的祖先由该点通过唯一途径可产生其他结点有根树是具有方向的树包含唯一的节点将其作为树中所有物种的最近共同祖先。无根树只是指明了种属的相互关系没有确认共同祖先或进化途径。最常用的确定树根的方法是使用一个或多个无可争议的同源物种作为“外群”英文outgroup这个外群要足够近以提供足够的信息但又不能太近以致不能和树中的种类相混。把有根树去掉根即成为无根树。一棵无根树在没有其他信息外群或假设如假设最大枝长为根时不能确定其树根。无根树是没有方向的其中线段的两个演化方向都有可能

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